Primeira temporada (2009-2010)

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A história começa com um professor de espanhol, William Schuester (Matthew Morrison), decidido a dirigir o clube do coral da escola em que leciona (e onde estudara na adolescência) e torná-lo motivo de orgulho novamente. Mas, para isso acontecer, ele terá que encarar vários obstáculos, como: um baixo orçamento, o controle obsessivo de sua esposa Terri (Jessalyn Gilsig), a baixa autoestima dos alunos, e claro, a treinadora das cheerleaders, campeã de seis títulos nacionais consecutivos, Sue Sylvester (Jane Lynch), que fará de tudo para impedir o sucesso do clube. Will fecha um acordo com o diretor da escola, Figgins, garantindo que se eles vencerem a competição regional de show do corais, o programa permanecerá, senão o clube acabará e a sala usada por eles será a alugada para adquirir dinheiro para a escola. Mas não será tão fácil vencer, pois além de Sue e problemas com sua esposa, ele terá que extrair dos alunos bastante talento se quiserem vencer as regionais.

Durante esse tempo, os alunos tentam achar seu lugar em um mundo no qual as diferenças não tem vez. A princípio o Glee Club só é frequentado por alunos excluídos e considerados perdedores: Rachel Berry (Lea Michele) é filha de dois pais gays e muito egoísta quando se trata de seu objetivo ser uma estrela. Kurt Hummel (Chris Colfer) é homossexual assumido, porém acaba enfrentando diversos preconceitos por ser do jeito que é. Mercedes Jones (Amber Riley) se considera a nova Witney Houston, mas é constantemente zoada por ser gorda e por nunca ter beijado alguém. Artie Abrams (Kevin McHale) sofre por ser paraplégico e ter que usar uma cadeira de rodas para se locomover. Tina Cohen-Chang (Jenna Ushkowitz) é uma asiática que canta muito bem, mas é extremamente tímida. O Glee Club começa a ir para a ruína, mas tudo muda quando Will, ao tentar fazer com que algum jogador de futebol entre no coral e ser ridicularizado por isso, escuta Finn Hudson (Cory Monteith), o capitão do time de futebol e o garoto mais popular do colégio cantar. Como já sabia que Finn nunca entraria por vontade própria no clube do coral, Will coloca um pacote de maconha medicinal no armário de Finn. Quando a droga é encontrada, Will obriga Finn a entrar no coral para o aluno não ser expulso. Finn primeiramente não gostar de estar no clube, mas depois ele acaba descobrindo uma paixão escondida pela música, e também por Rachel. Contudo, para competirem nas Regionais, o Novas Direções (nome dado ao coral) precisa de doze membros, e eles só tem seis.

Enquanto isso, Sue Sylvester, a treinadora das líderes de torcida do colégio, tenta mais do que tudo destruir o clube do coral. Para isso, ela coloca suas melhores cheerleaders como espiãs lá dentro: Quinn Fabray (Dianna Agron), a namorada de Finn e a capitã das líderes de torcidas do colégio, que entra no clube por também se sentir ameaçada por Rachel tentar conquistar Finn; Santana Lopez (Naya Rivera), a maior vadia da escola, que é extremamente malvada e Brittany S. Pierce (Heather Morris), a garota que dormiu com quase todos os garotos do colégio e que também não é muito inteligente. Logo depois, Puck (Mark Salling), junto com dois colegas do time de futebol, Mike e Matt, entram pro clube, atingindo os mínimos doze integrantes que precisam para competir.

Logo após, uma reviravolta acontece: Quinn se descobre grávida, mesmo sendo filha de pais muito religiosos e a presidente do clube do celibato do colégio. Ainda é revelado que o pai da criança não é Finn, mas sim Puck, o seu melhor amigo. Terri, a esposa de Will, também se revela grávida. Porém, pouco tempo depois, ela descobre que estava com gravidez psicológica, mas continua dizendo para Will que está esperando um filho dele para não magoá-lo. Quando Terri descobre que Quinn está grávida e que provavelmente vai dar o bebê para adoção, ela tenta convencer Quinn a dar a criança para ela, para Wiil nunca descobrir que ela estava mentindo. Quinn, ao princípio, aceita, mas ao passar por diversos acontecimentos relacionados à gravidez, como a descoberta de seus pais, sua expulsão de sua própria casa e a curta estadia na casa de Mercedes; ela decide ficar com a criança, para o desespero de Terri.

Um pouco antes das eliminatórias para as Regionais, Will descobre que Terri não estava grávida e pede o divórcio. Finn descobre através de Rachel que Puck é o pai da filha de Quinn. Assim, ele termina com ela e desfaz a amizade de anos com o amigo. Sue entrega para os corais que competirão com o Novas Direções a lista de músicas que eles irão cantar, e os fazem cantar por último, para que assim eles sejam acusados de plágio. Porém, o grupo organiza uma apresentação ás pressas e acabam ganhando, se classificando para as Regionais, mesmo sem os juízes saberem da trapaça dos outros dois grupos.

Finn e Rachel começam a namorar depois da vitória nas eliminatórias, mas ele termina com ela por não ter certeza de seus sentimentos pela mesma. Will e Emma, a orientadora pedagógica da escola também estão juntos, mas o relacionamento entre os dois fica difícil e os dois terminam; Finn tenta reatar com Rachel, mas ela se apaixona pelo líder do principal rival do Novas Direções nas Regionais, Jesse St. James (Jonathan Groff), e os dois começam a namorar. Ele se transfere para McKinley e ajuda Rachel a entrar numa busca que ela nunca pensou que conseguiria fazer: encontrar sua mãe biológica. Depois de muitas reviravoltas, ela finalmente a encontra, e ainda descobre que sua mãe é Shelby Corcoran (Indina Menzel), a treinadora do Vocal Adrenaline, principal rival de seu coral. Descobre-se depois que Jesse aproximou-se de Rachel de propósito para fazê-la encontrar Shelby, mas que ele de fato apaixonou-se por ela no processo. No entanto, para proteger o Vocal Adrenaline, ele a trai, voltando a seu coral de origem e posteriormente jogando ovos em sua cabeça, deixando-a extremamente triste.

Com a chegada das Regionais, o grupo sente-se desmotivado pois tem certeza de que nunca irá superar o Vocal Adrenaline. No entanto, Will diz a seus alunos para se divertirem acima de tudo, e o que tiver que acontecer irá acontecer. Com isso, o Novas Direções cantam uma mistura de músicas da banda Journey, principal inspiração de todos. Quinn dá a luz à sua filha, Beth, logo após a apresentação de seu coral, doando ela em seguida à mãe biológica de Rachel, Shelby.

Tem-se ainda nesta temporada uma jornada de auto-aceitação de diversos personagens: Artie, após ser menosprezado pelos próprios membros do coral, e estes serem obrigados por Will a usarem uma cadeira de rodas por uma semana inteira como punição, se dá conta de que talvez sua condição mão traga tantos males quanto imagina. Tina, com a ajuda de seu então namorado Artie, consegue aceitar sua carência e timidez e assumir-se da maneira que verdadeiramente é. Mercedes, após passar um breve período como líder de torcida (por causa de sua voz) e desenvolver um distúrbio alimentar por cauda da pressão de Sue para se tornar mais magra, assume seu corpo e para de se importar com opiniões alheias acerca de sua forma física. Finn assume seu amor pela música, tornando-se extremamente fiel ao grupo do coral, mesmo com as piadinhas que sofre. Puck se descobre um excelente companheiro ao longo da gravidez de Quinn, mesmo com alguns deslizes, e esta se torna totalmente agradecida ao grupo do coral, por estes serem os únicos que a verdadeiramente acolheram ao longo de sua gravidez. Santana e Brittany descobrem que podem ser pessoas muito melhores do que as cheerleaders malvadas que sempre foram. Mas a maior aceitação se dá por conta de Kurt, que após assumir-se a seu pai e este aceitar seu filho como é, passa a se aceitar, por mais ofensivos que possam ser os comentários deferidos a si.

O Novas Direções infelizmente fica em último lugar nas Regionais, mas, com a inesperada ajuda de Sue, eles conseguem mais um ano na escola para provar seu talento.